Aqueça o forno a 175ºC. Em uma tigela média, misture a aveia, a farinha de trigo, o germe, o bicarbonato, o fermento, a canela, a linhaça e o sal. Reserve.
Na batedeira, coloque o óleo de canola e os açúcares. Bata até que esteja homogêneo e cremoso. Junte o ovo e a baunilha e continue batendo. Desligue a batedeira e junte a mistura de aveia. Misture bem com uma espátula, até que as farinhas estejam totalmente incorporadas. Junte os pedaços de chocolate e misture para que agreguem à massa.
Utilizando duas colheres, faça pequenas porções da massa em assadeira anti-aderente ou coberta com papel vegetal. Não se preocupe em deixar os cookies muito bonitinhos, pois eles irão esparramar-se um pouco quando forem assados. Deixe um espaço de 1,5 a 2cm entre cada um deles.
Asse por aproximadamente 15 minutos, ou até que as beiradas dos cookies estejam douradas. Retire a assadeira do forno, deixe esfriar uns 5 minutos e retire os cookies com o auxílio de uma espátula para não quebrar. Transfira-os para uma grade para que esfriem completamente.
Repita o processo até terminar com a massa. Assei 4 assadeiras de cookies, duas por vez.